真核转录组测序适用于有参考基因组及无参考基因组的物种，是针对真核生物进行mRNA研究的技术。
真核有参转录组可以是数据库收录的或自有组装基因组信息，对样本的RNA进行提取、建库、测序后，通过比对参考基因组获得基因表达定量信息，从而进一步分析其差异和功能变化；真核无参转录组适用于特殊物种或参考基因组组装不全面的少见物种，测序数据会先通过组装，后进行更深层次的功能注释及分析。
通过分析差异转录本的表达情况、功能富集（GO/KEGG）和WGCNA共表达网络等分析，挖掘关键功能基因。适用于疾病分子分型、胁迫响应机制、发育阶段调控等研究。
服务流程
样本提取 → RNA质检 → 文库构建 → 测序 → 数据过滤 → 序列比对 → 表达定量 → 差异分析 → 功能挖掘 → 报告交付
应用场景
疾病分子分型与生物标志物筛选
通过比较癌症vs.正常组织的转录组差异，可识别驱动基因或治疗靶点。后可关联蛋白组、代谢组等疾病表征类数据或临床病理结果，以达到对疾病/外界环境扰动所产生的生物体变化宏观理解。例如，2023年《Nature Medicine》一项研究利用RNA-Seq发现 肺癌亚型特异性融合基因（如ALK、ROS1），指导靶向用药。
药物作用靶点探索
分析药物处理前后的转录组变化，揭示耐药基因或药效通路。辅助蛋白修饰组、特定基因靶向研究、计算机辅助药物设计等技术手段，得出目的蛋白作为药物靶标蛋白的可能性，助力药物研发。
技术优势
高灵敏度，高通量：检测低丰度转录本（FPKM≥0.01），可在短时间内检测百万单位的基因表达数据
检测内容丰富：mRNA检测结果不仅包含外显子区域的信息，还将包括可能得潜在新基因、新转录本和剪接异构体等
全面性：不仅能够揭示所有外显子区域的信息，还可以检测到潜在的新基因、新转录本和剪接异构体等
个性化分析：支持时间序列分析、可变剪接事件检测
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